Obrazovna delatnost JUNIS-a je definisana kao jedna od osnovnih delatnosti pri osnivanju JUNIS-a i podrazumeva pripremu, organizaciju i sprovođenje opštih i specijalizovanih obrazovnih programa, seminara, konferencija, kurseva i radionica iz oblasti ICT i srodnih oblasti.

Da bi se efikasnije realizovao razvoj i uvođenje pojedinih delova računarske mreže i informacionog sistema, koristi se princip definisanja  projekata na kojima su angažovani pre svega radnici JUNIS-a, a po potrebi i drugi saradnici sa pojedinih fakulteta ili van Univerziteta u Nišu. Pod pojmom projekat ne podrazumevaju se samo standardni projekti informacionih i mrežnih sistema i podsistema i razvoj softvera, nego i drugi oblici rada kao što je Školski centar JUNIS-a.

Obrazovna delatnost JUNIS-a se odvija kroz Školski centar. Cilj je da se edukovanjem i motivisanjem korisnika da aktivno koriste savremene ICT servise, sprovodi masovno elektronsko opismenjavanje velikog broja korisnika, pre svega iz akademskog okruženja Univerziteta u Nišu, u svrhu unapređenja uslova za naučno-istraživački i obrazovni rad.

Pored obezbeđivanja permanentne obuke za sve učesnike u realizaciji računarske mreže i informacionog sistema, za nastavno i nenastavno osoblje fakulteta, studente kao i sve korisnike JUNIS-a, Školski centar je organizovao i realizovao informatičku obuku (osnovnu i specijalističku), i za sve zainteresovane grupe polaznika van Univerziteta u Nišu. Takva obuka je bila informatička obuka nezaposlenih lica na evidenciji Nacionalne službe za zapošljavanje, zaposlenih u Medicini rada, u Univerzitetskoj biblioteci, u Telekomu, obuka za servisiranje računara i održavanje računarskih mreža, kao i seminari i prezentacije (Upravljanje sigurnošću integralnih informacionih sistema baziranih na internet tehnologijama, Racionalizacija poslovanja HP rešenje, F-Secure sigurnosno rešenje, ...).

Nakon predstojeće adaptacije korisničkog prostora i nabavke nove multimedijalne opreme u JUNIS-u, u planu je nastavak aktivnosti na informatičkoj edukaciji.